论文查重免费版与付费版的区别主要体现在功能、准确性和使用限制上。免费版通常功能较为简单，只能基本查重，准确性相对较低，且会有使用次数或篇数限制。而付费版功能更丰富，可以深度分析文本相似度，提供详尽的查重报告，准确性更高，同时使用限制相对较少，适合对文本查重要求较高的用户。对于重要的学术论文或商业文件，建议选择付费版进行查重，以确保文本原创性和质量。

在选择论文查重工具时，需要根据具体需求和预算来决定使用免费版还是付费版。免费版适合对文本查重要求不高，且预算有限的用户；而对于对文本查重要求较高、需要准确结果的用户，付费版则是更好的选择。此外，付费版通常提供更多的定制化服务和技术支持，能够更好地满足用户的个性化需求。综上所述，根据实际情况选择论文查重免费版或付费版，以获得更好的使用体验和查重效果。