免费论文查重的原理主要是通过文本比对算法，检测论文中的文字是否存在抄袭或重复内容。常见的算法包括基于哈希值的比对、基于字符串匹配的比对等。通过将待查重的论文与已有数据库中的文献进行比对，找出相似度较高的部分，从而判断是否存在抄袭行为。

此外，免费论文查重工具还会根据设定的阈值来确定相似度的界限，一般来说，相似度超过30%就会被认定为涉嫌抄袭。值得注意的是，免费论文查重工具通常会有一定的局限性，建议在提交正式论文前，再使用收费更为专业的查重工具进行确保。