要保护用户隐私，论文查重免费版可以采取匿名提交的方式，不显示用户真实姓名和联系方式；对上传的论文进行加密处理，确保内容不被泄露；建立严格的用户隐私保护政策，明确用户数据使用规则，并遵守相关法律法规。

除此之外，论文查重免费版还可以采用数据加密传输技术，确保用户上传的论文在传输过程中不被窃取；定期更新系统安全补丁，防止黑客入侵；提供用户隐私设置选项，让用户自主选择分享哪些信息。通过这些方法，可以有效保护用户隐私，增强用户信任感。